全书6卷，另有卷首。卷首引证《内经》有关温热病经文19条作为立论依据，冠名曰“原病篇”；卷一至卷三为全书主体部分，分别为上焦篇、中焦篇和下焦篇，详细论述了温病的病因和按三焦辨证的方法及治法方药，集中体现了吴氏的主要学术思想和经验；卷四为杂说；卷五为解产难；卷六为解儿难。所论及的温病包括风温、温热、温疫、温毒、冬温、暑温、伏暑、寒湿、湿温、秋燥等，每种温病之下，细设条文，辨证论治。